2030年，人类世界爆发了第四次世界大战，也被称为“核战争”。在战争初期，核弹摧毁了几乎全部的军事基地、机场和港口，随着政府之间的战争持续，民间的不满与日俱增，由此成立了“盟军”——一支民间武装，目的是不惜一切代价停止战争，手段包括绑架和刺杀各国政要、摧毁剩余的军事设施等。盟军旗下分5个部门：武装部队、救援部队、调查部、情报部和医学院。

主角，埃尔文·萨拉查·塞萨尔、贝克·弗莱特，隶属于盟军武装部队，在某一次潜入废弃的导弹基地时，误触基地自毁按钮，引爆了留存的核弹，大量核弹同时爆炸产生了一个时空裂缝，把他们带进了泰拉大陆，此时的的罗德岛还处于巴别塔时期，由特雷西娅带领。在巴别塔解散后，埃尔文利用将源石技艺与物理知识结合，改造了石棺，利用石棺返回地球。

伊什塔·兰卡斯特，在临近战争结束，执行任务时偶然发现欧洲的物理实验室内有未完成的时空通道制造机器，在对实验室内的科学家进行逮捕时，机器启动，将伊什塔带入泰拉大陆，此时距离埃尔文与贝克返回地球已经过去三年。

人类世界时间流速与泰拉大陆比例约为10∶1，依靠一个位于仙后座Σ的虫洞连接，处于同一时空位面，当两次穿越虫洞的过程中受到的引力不一致时，时空曲率会导致时间流速不一致，穿越者最终降落的时间点也不一样。埃尔文·萨拉查·塞萨尔和贝克·弗莱特两次穿越的时间跨过伊什塔·兰卡斯特的穿越时间，经过改造后的“石棺”存在被动情况下时将人传送至不同时空的功能，埃尔文·萨拉查·塞萨尔在第二次穿越时没有依靠石棺，而是依靠物理学技术，因此与伊什塔·兰卡斯特同时存在于一个位面上的泰拉大陆。

泰拉大陆基本世界定义与原作《明日方舟》基本没有出入，时间线受到穿越者所作所为的影响，导致原作的一些“事件”在主角进行穿越之后发生了较大改变，这是本书与原作剧情相差极大的由来。由此，我们可以理解为∶《方舟骑士》是与《明日方舟》同时存在的一个平行世界，基本上不与原作剧情产生关联。

人类在泰拉大陆被定义为“前人类”，不受源石能量影响，且通过学习，可以掌握绝大部分种类的源石技艺和法术。

主角拥有的源石技艺不受人类世界的任何影响，但原本的身体素质因为受到核辐射而发生了改变，其中一种情况为：人体中的核辐射能量在某种程度下与源石能量发生反应，出现聚变和裂变两种情况，当控制某一空间内的元素产生聚变反应时，可以引起时空坍缩，在第三视角观看时，聚变反应边缘的空间发生扭曲，而操控者不受反应的影响，可以在此坍缩空间内自由行动，且操控者可通过控制反应区域内的引力大小来呈现需要达到的结果。在第一次穿越时，主角通过学习，掌握了到巴别塔解散为止所有的源石技艺。

不同密度的源石在被激活、且相互反应的过程中，会散发出能量，参加反应的单位越多，能量越大，因此混合了源石的武器对感染者能够造成特攻。与一般的异世界转生不一样，在经过仙后座∑虫洞时，本质不会发生改变，穿越者会带着原有的知识和记忆，包括身体素质，穿越到另一个时空。主角拥有的源石技艺在一定程度上能够逆转源石能量，但会使身体器官过载。

由此，本书剧情可分为两部分∶第一部分为前传《方舟骑士·叛乱》，埃尔文·萨拉查·塞萨尔与贝克·弗莱特首次穿越到泰拉世界，这一部分会在前传中加以补充，第二部分，《方舟骑士·门徒》主要剧情，“博士”的真实身份为盟军侦查员伊什塔·兰卡斯特，人物设定集会另起章节补充。

在本书中，一些非官方称号的灵感来自《艾尔登法环》。

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